El Centro Cultural de San Marcos, CCSM, busca identificar la actividad artística de la universidad con la investigación y la creación cultural más exigente. Tiene un total de diez departamentos culturales, entre las que se encuentran el Museo de Arte, el Museo de Arqueología y Antropología, el Centro Unversitario de Folklore, la Biblioteca España de las Artes, entre otras, todas con sede en la casona y con su propia lista de eventos y actividades.
El Centro Cultural de San Marcos cuenta con reconocidos conjuntos universitarios de banda, coro y folklore, al igual que con elencos de ballet y teatro. En todos ellos se ofrecen importantes programas pedagógicos, articulados a una continua y rigurosa exploración de los respectivos medios expresivos. Asimismo existe un activo programa de Cine-Arte que, además de proyectar ciclos fílmicos, tiene la revista Butaca.
El Museo de Arqueología y Antropología es poseedor de un extenso acervo de piezas prehispánicas (particularmente ceramios Chavín) y se encarga de la custodia del archivo legado por Julio C. Tello. Por su parte, el Museo de Arte alberga el más nutrido conjunto de retratos existente en el país (siglos XVI al XX), una importante colección de arte popular y de arte contemporáneo, con ejemplos de la producción plástica de los últimos ochenta años.
